La Iglesia Pentecostal Unida Internacional del Ecuador se conformó como organización en el año 1963 con el registro oficial (actual) nº 114 y acuerdo ministerial (actual) 311. En ese tiempo la organización estuvo a cargo de administración extranjera supervisada por la sede ubicada en San Luis, Missouri.

Desde 1996 la administración estadounidense en Sudamérica comenzó a dar paso y a dejar que diferentes países del continente se vuelvan de total administración nacional, es decir que la administración de la organización en los países de América del sur pasen a manos de sudamericanos. Fue así que en el año 2000 la organización interna del Ecuador pasó a ser administrada por ecuatorianos por decisión de la sede internacional de la Iglesia Pentecostal Unida Internacional.

Algo que es muy característico en la Iglesia Pentecostal Unida Internacional y la distingue de las demás organizaciones es que la meta de los misioneros es desarrollar y establecer una iglesia nacional que esté afiliada en el Espíritu al cuerpo de creyentes alrededor del mundo. El misionero es designado y comisionado por la División de Misiones Extranjeras para desarrollar un liderazgo nacional que administrará la iglesia en su nación. Cuando el trabajo se hace autónomo, la iglesia nacional queda unida al cuerpo mundial por un Director Regional que es la atadura orgánica que funde el trabajo a la iglesia en el mundo. La Iglesia Pentecostal Unida Internacional cree que la iglesia es el Cuerpo de Cristo conformado por creyentes de todo el mundo.

Tras la salida del misionero John Lassetter, el cambio de administración de extranjera a nacional fue presidida por el pastor Leonardo Becerra, que aún cuando  dirige la organización en el Ecuador está sujeto a la sede ubicada en San Luis, Missouri.

HISTORIA DE LA IGLESIA PENTECOSTAL UNIDA INTERNACIONAL DEL ECUADOR

Con el fin de escapar al peligro de la Violencia, los hnos. de La Morena, se trasladaron a otros lugares. Unos se fueron a lugares de Colombia tales como Antioquia, Neiva, Cali, Caquetá, Boyacá y otros fueron a Sto. Domingo de los Colorados en el Ecuador, entre estos refugiados estaba el hno. Joaquín Jaramillo que fue la primera persona que predicó el mensaje del Nombre y de la Unicidad de Dios en el Ecuador.

La Palabra de Dios tocó los corazones de los oyentes y deseaban ser bautizados en el Nombre de Jesús. Después de unas 8 ó 10 semanas llegó una carta al hno. Drost en Cali, para que fuera a Sto. Domingo y bautizara a los nuevos convertidos. Cuando el hno. Drost llegó a Sto. Domingo, los hnos. colombianos de “La Morena” tenían preparada una sala arrendada, donde predicó el hno. Drost. Después de predicar el hno. Drost fue tomado preso y pasó la noche en la cárcel. La siguiente mañana el Señor le dio favor con el Juez, y el hno. Drost fue liberado.

En los siguientes cultos se manifestó el poder de Dios de una manera maravillosa, y muchos recibieron el Bautismo del Espíritu Santo; aunque los sacerdotes y monjas trataron de impedir que la gente asistiera a los cultos. Una mañana del año 1957, a las 6:00 am, 32 personas fueron bautizadas en el Nombre de Jesús en el río Toachi.

Para cuidar la obra creciente en el Ecuador, el hno Larsen, misionero en Colombia de la Iglesia Pentecostal Unida Internacional, envió en el año 1959 al hno. Miguel Peña y esposa. Ellos se radicaron en Quito, dirigiendo la obra en ese lugar y también en Sto. Domingo.

El hno. Peña trabajo tres años así y fue trasladado a Guayaquil intentando establecer obra allí, y el hno. Crisógomo Limones asumió la responsabilidad de la obra en Quito. En esta forma comenzó la obra del Nombre en el Ecuador, como una extensión de la obra Internacional en Colombia y durante estos principios varios Ministros de Colombia visitaron Ecuador con enseñanzas y predicación. Un poco más tarde la Sede Internacional nombró y envió a la Hna. Lucile Farmer como misionera para servir en el Ecuador.

El problema de la separación en Canadá y Estados Unidos resultó en crisis no solamente para la obra en Colombia sino también para la obra en el Ecuador, entonces, durante los años 1965, 1966, 1967, etc., el ambiente en Colombia (que resultó de la separación de Canadá como organización independiente) tenía influencia en la obra del Ecuador, el hno. Miguel Peña sentía lealtad a la obra independiente de Colombia, y la recién llegada hna. Farmer sentía lealtad a la sede Internacional. Resultado de eso comenzó una serie de trámites por los dos grupos en el Ecuador, uno leal a la Sede Internacional, y el otro leal a través del hno. Peña, a la Iglesia Pentecostal Unida Internacional de Colombia, para obtener Personería Jurídica.

Estos trámites comenzaron en 1967 y siguieron hasta 1971. Durante este tiempo dos misioneros más fueron nombrados por la Sede Internacional al Ecuador: los hnos. Elga Battle y Daniel Scott. Los trámites terminaron con la aprobación de estatutos y personería jurídica a la Iglesia Pentecostal Unida Internacional del Ecuador con afiliación a la sede Internacional, y en 1976 la Iglesia Evangélica Apostólica del Nombre de Jesús en el Ecuador obtuvo la aprobación de estatutos y personería jurídica, con relación a la Iglesia Pentecostal Unida de Colombia.

Aunque ambas organizaciones son separadas hoy en día, sin duda proceden del mismo comienzo por la predicación de los hermanos refugiados los cuales salieron de La Morena en tiempo de la violencia, cuando la Iglesia Pentecostal Unida Internacional administraba la obra en Colombia.